Em casos mais severos e com problemas esqueléticos, pode ser necessário um tratamento orto-cirúrgico. A Cirurgia Ortognática é indicada para pessoas que tem um desequilíbrio entre as bases ósseas da maxila e mandíbula. Neste tipo de tratamento associa-se o tratamento ortodôntico à cirurgia ortognática. Ele deve ser realizada após a finalização do crescimento e desenvolvimento do paciente, tendo exceções em casos específicos. Normalmente é necessário um preparo ortodôntico pré cirurgico e uma fase pós cirúrgica.